Unmus memiliki lambang berbentuk mahkota bunga berujung 5 (lima) berwarna kuning yang didalamnya terdapat: musamus berwarna coklat berdiri tegak di atas sebuah buku yang terbuka berwarna putih;

• pita berwarna merah putih pada bagian bawah buku;

• sinar matahari berwarna degradasi putih cerah kekuningan yang berubah menjadi merah tua;

• seuntai kapas berwarna putih berjumlah 17 (tujuh belas) buah berkelopak hijau;

• seuntai padi berjumlah 45 (empat puluh lima) butir berwarna kuning keemasan;

• kelopak bunga teratai berwarna putih berjumlah 8 (delapan) kelopak yang mengapung di atas ombak berwarna biru;

• mahkota bunga berujung 5 (lima) berwarna kuning.

• tulisan UNIVERSITAS MUSAMUS berwarna hitam pada lingkaran bagian atas berwarna merah dan tulisan MERAUKE berwarna hitam pada lingkaran bagian bawah berwarna putih, dengan jenis huruf Arial yang dicetak tebal;

• dua bintang bersegi lima berwarna hitam membatasi tulisan UNIVERSITAS MUSAMUS dan MERAUKE; dan

• tulisan IZAKOD BEKAI IZAKOD KAI berwarna hitam diatas pita berwarna kuning, dengan jenis huruf Arial yang dicetak tebal.

Lambang Unmus memiliki makna sebagai berikut:

• kata musamus diambil dari bahasa suku Marind yang berarti rumah semut dan memiliki makna suatu bentuk kerja sama yang tidak mengenal lelah dan berkelanjutan;

• buku yang terbuka bermakna sebagai wadah pengembangan ilmu pengetahuan, teknologi, dan/atau seni yang tiada berbatas;

• sinar matahari berwarna degradasi putih cerah kekuningan yang mencerminkan kecerahan berubah menjadi merah tua bermakna semangat keberanian;

• kesatuan dari musamus, buku yang terbuka, sinar matahari berwarna degradasi putih cerah kekuningan, dan dasar yang berwarna hitam mengandung makna perjuangan manusia sejati di ufuk timur untuk menuntut ilmu dengan dasar Pancasila dan berbudi luhur dalam bidang ilmu pengetahuan dan teknologi;

• seuntai kapas berjumlah 17 (tujuh belas) bermakna peradaban manusia yang mulia;

• seuntai padi berjumlah 45 (empat puluh lima) butir bermakna kesejahteraan;

• kelopak bunga teratai berjumlah 8 (delapan) kelopak yang mengapung di atas ombak bermakna keindahan, kekayaan alam di darat dan laut;

• seuntai kapas berjumlah 17 (tujuh belas) buah, seuntai padi berjumlah 45 (empat puluh lima) butir dan kelopak bunga teratai berjumlah 8 buah bermakna semangat jiwa Proklamasi Negara Kesatuan Negara Republik Indonesia Tahun 1945;

• mahkota bunga berujung 5 (lima) berwarna kuning bermakna sebagai pancaran pencerahan ke segala arah dengan semangat persatuan dalam mencapai kemuliaan hidup berazaskan Pancasila;

• bingkai tulisan UNIVERSITAS MUSAMUS dan MERAUKE berwarna merah dan putih bermakna warna Bendera Negara Kesatuan Republik Indonesia;

• bintang bersegi lima bermakna pencerahan; dan

• “IZAKOD BEKAI IZAKOD KAI” bermakna satu hati satu tujuan.