Universitas Musamus (UNMUS) awal berdirinya dengan nama Sekolah Tinggi Teknologi Merauke (STTM) diselenggarakan berdasarkan pendidirian Yayasan Pendidikan Anim Ha Merauke dengan Akta Notaris Nomor 12 tahun 2001 tanggal 26 Januari 2001. STTM didirikan dengan Keputusan Mendiknas RI Nomor 187/D/O/2001 tanggal 26 September 2001.

Pada bulan Oktober 2005 pembentukan tim kecil untuk penyusunan proposal perubahan status dari Sekolah Tinggi menjadi Universitas diantar ke DIKTI di Jakarta, dan pada tanggal 16 Agustus 2006 Mendiknas RI melalui DIKTI di Jakarta mengeluarkan Izin Operasional beberapa program studi baru jenjang S-1 dan perubahan status kelembagaan STT Merauke menjadi Universitas Musamus Merauke (UNIMMER) berdasarkan SK Nomor 160/D/O/2006

Pada tahun 2006 pembentukan tim kecil untuk penyusunan proposal perubahan status menjadi Universitas Negeri, dan tepatnya pada tanggal 12 Desember 2007 proposal tersebut diserahkan ke Departemen Pendidikan Nasional. Selanjutnya setelah mendapat persetujuan Bapak Mendiknas untuk persiapan penegerian, maka Dirjen Pendidikan Tinggi membentuk Tim Penegerian yang selanjutnya melakukan kajian Naskah Akademik;